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Compétences

• Taxonomie et identification poly-phasique de microorganismes à intérêts biotechnologiques (médicale, vétérinaire, agro-alimentaire, etc) (équipe 1):
  
  
• Amélioration des techniques de sélection des actinomycètes (y compris les plus rares au monde) en faisant varier les milieux, les agents sélectifs et les traitements des sols de divers écosystèmes sahariens.
• Sélectionner les actinomycètes (en focalisant plus sur ceux appartenant à des genres rares ou peu fréquents dans le monde, tout en n’excluant pas les autres), afin de les déterminer.

• Etude de la taxonomie des actinomycètes par des méthodes classiques (morphologie, physiologie, chimiotaxonomie) et moléculaire (Séquençage de l’ADNr 16S, phylogénie, hybridation ADN-ADN et détermination du GC%.

• Evaluation des potentialités antagonistes contres des germes pathogènes par des méthodes classiques (Stries croisées, et autres) et moléculaires par un screening des gènes « polyketide synthases » (PKS) et « nonribosomal peptide synthetases » (NRPS).

• Essai in vitro et in vivo d'agents microbiens et de molécules bioactives à visées agronomiques (bio-intrants de type bio-pesticides et bio-fertilisants) (équipe 2):
  • Valorisation du potentiel de production d’antibiotiques par les actinomycètes des sols sahariens et recherche de nouvelles molécules actives à intérêt agronomique.

• Lutte biologique contre les maladies des plantes d’origine fongique (ou même bactérienne) par l’utilisation de souches d’actinomycètes sélectionnées et performantes. Les plantes peuvent être des légumineuses, des céréales et diverses plantes maraichères.

• Exploitation de l’utilisation des actinomycètes endophytes pour la promotion de certaines plantes sahariennes et steppiques d’intérêt (plantes médicinales, plantes utilisées dans la lutte contre la désertification, etc.).

• Screening de micro-organismes producteurs d'antibiotiques à application humaine, animale et agronomique (équipe 3):

• Sélection des souches d’actinomycètes (isolés par les chercheurs de l’équipe 1) les plus actives contre des microorganismes pathogènes pour l’homme ou zoopathogènes (bactéries, champignons filamenteux et levures). 

• Cinétique de production des antibiotiques en milieux de culture agités et optimisation de la production en shaker et en fermenteur.

• Choix des solvants d’extraction des fractions actives et révélations de ces dernières par des méthodes microbiologiques (bioautographie) et chimiques.

• Criblage des antibiotiques polyéniques et non polyéniques par spectroscopie UV-visible. 

• Purification des antibiotiques par chromatographie préparative sur plaques épaisses de gel de silice, sur colonne de gel de silice ou de Séphadex par HPLC semi-préparative sur colonne C18.

• Identification des molécules les plus intéressantes par des méthodes spectroscopiques (UV-visible, Infra-Rouge, Masse, RMN du proton et du C13 avec étude des corrélations).

• Détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) contre de nombreux agents pathogènes.

• Recherche de champignon toxinogènes, et de mycotoxines dans l'alimentation humaine et animale (équipe 4):

• Connaissances approfondies des champignons potentiellement toxinogènes impliqués dans la contamination des différentes filières alimentaires.
• Détermination des différentes conditions d’ordre biologique, chimique, physique, macro-environnementale et micro-environnementale nécessaires au développement des champignons toxinogènes et à la production des mycotoxines.

• Recherches de nouvelles techniques d’identification moléculaires des champignons toxinogènes.

• Amélioration des connaissances de l'étiologie de la production des mycotoxines.

• Définition des interventions appropriées pour maîtriser les mycotoxines et les mycotoxicoses.